氫氣的效應(yīng)客觀存在，機制不十分清楚，這是目前研究的最客觀描述。那么如何研究，在大方向上是清楚的，就是要力爭弄清楚氫作用的分子機制，但具體如何進行研究則是比較具有挑戰(zhàn)性的問題。明確氫氣具有非抗氧化間接效應(yīng)十分重要。

因為氫氣在體內(nèi)存在的時間十分短暫，例如一定停止補充，人體內(nèi)在30分 鐘內(nèi)就可以通過呼吸系統(tǒng)完全釋放出來，而許多治療結(jié)果顯然存在持續(xù)性或長期性效應(yīng)。短時間接觸，長時間效應(yīng)，這表明氫氣的作用具有間接性而不是直接性的。 抗氧化是典型的直接效應(yīng)，這導(dǎo)致許多治療效應(yīng)無法用抗氧化來解釋。機體內(nèi)氧化損傷理論上會持續(xù)發(fā)生，氫的短時間作用如何克服這種長期的損傷，顯然就是一個 疑問。假如氫是通過間接效應(yīng)產(chǎn)生，那么是什么分子作為氫氣在身體內(nèi)產(chǎn)生作用的代理就十分重要。從現(xiàn)在的研究看，如Nrf2、饑餓素、FGF21和HO-1等 逐漸被人發(fā)現(xiàn)，但這些分子是否可以在生理狀況下被氫氣啟動，如果不能，那么仍有可能這些分子本身是被損傷因素誘導(dǎo)，這只是氫氣效應(yīng)的伴隨現(xiàn)象，而不是效應(yīng) 分子。解答這個問題比較理想方法是使用藥物阻斷和基因敲除這些分子，觀察是否效應(yīng)仍存在。如果效應(yīng)消失，那么可以確定這些分子確實屬于氫發(fā)揮作用的體內(nèi)效 應(yīng)分子。其次要回答，氫的效應(yīng)分子是一種，幾種還是多種。這個問題更難以解決，雖然采用組學(xué)方法有利于尋找興趣分子，例如有人發(fā)現(xiàn)許多氧化還原酶有可能參 與氫的效應(yīng)。但仍必須對每個具體分子進行確認(rèn)。這也是組學(xué)研究方法本身要求的。